屏南杖头木偶戏的常演剧目，可分为三类，一类是宗教仪式剧，与平讲、乱弹通于佛教道教法事的愿戏及彩戏，如《八仙庆贺》、《三星庆贺》、《目连救母》、《云头送子》、《刘锡得子》、《五子拜寿》、《东方塑偷桃》等小戏。第二类是从神话小说中改编出来的，如《夫人传》中的《陈大奶出山》、《陈大奶脱胎》、《狐狸精》、《金毛虎》、《蜘蛛精》、《斩白蛇》、《白塔寺》、《石夹精》等，《西游记》中编出的有《流沙河》、《猪八戒讨亲》、《老鼠精》、《白骨精》、《真假美猴王》、《盘丝洞》、《火孩儿》、《火焰山》等，《白蛇传》中的《青白蛇斗法》、《许汉文借伞》、《盗库银》、《盗仙草》、《水漫金山》、《梦蛟拜塔》等。第三类是来自屏南地方戏剧种“平讲戏”的剧目，如《醉花亭》、《周三打虎》、《刘海戏蛤蟆》、《武松打虎》、《张四姐下凡间》、《猪肚记》、《白蕉树》、《采桑》、《江姑伏虎记》、《卖花记》等30多本。
      由于杖头木偶戏表演形式的特殊性，其剧目不可能与其他戏剧文字形式相一致，因此，木偶师必须根据其表演特色，重新编演剧目，由于周郑宝读过私塾，有一定的文化修养，加之对木偶艺术的熟练和独有的悟性，因而都能根据自己的特长来编演出的剧目，其剧目多都能博得观众的好评。其余杖头木偶班演出的剧目，也多是从周郑宝之改编本传下来的。